扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS 的某一或某几个区域，使用高通量测序及生物信息分析方法检测目的区域的序列变异和丰度，进而对样本中物种分类及丰度、种群结构、系统进化及群落比较等方面信息进行分析的研究方法。根据不同的研究目的和需求，主要分为三类：对 16SrDNA 某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落结构多样性；对18SrDNA 某个高变区进行测序，用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性；对ITS1 或ITS2 进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。